現代農業的發展不能脫離生態安全和產品安全兩個基本要求，因此，農業污染防治應作為現代農業發展的重要任務之一。不同於工業污染和城市污染，農業污染涉及面廣而隱蔽性強，評估難度大，不適合建立懲罰型機制。同時，由於農民收入水平相對較低，不可能進行「污染收費」。所以，必須建立激勵型經濟補償機制，從根本上提高農戶防控污染的積極性。這種補償機制實質上是對生態建設與保護所付出的成本（包括放棄發展機會的損失）進行補償。
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