新疆野蘋果是我國珍貴的第三紀孑遺植物，具有豐富的抗性基因資源價值，對今天我國的栽培蘋果品種培育有重要作用，但其生存現狀有待改善。資料顯示，最近60年來，新疆野蘋果在新疆的分布區面積一直在縮減，部分縣域的分布區面積甚至僅有60年前的1/3，還有繼續縮減的趨勢。雖然在過去的20年間，退耕還林和天然林保護工程等項目的實施，減弱了農田開墾和樹木砍伐對新疆野蘋果野生種群的不利影響，但過度放牧仍舊存在。同時，蘋果小吉丁蟲等林業害蟲也在危害著新疆野蘋果，而在新疆野蘋果附近栽培蘋果，也會影響新疆野蘋果的基因多樣性。
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